Los pacientes que participen tendrán acceso de manera gratuita al estudio genómico de su tumor, tanto en la muestra de la biopsia como en sangre, a una resonancia magnética de todo el cuerpo y a la digitalización de imágenes de la anatomía patológica. El análisis de los datos clínicos, radiómicos, anatomopatológicos y genéticos que se recojan va a permitir generar un algoritmo de inteligencia artificial que ayude a conocer mejor los tumores. Los resultados podrían cambiar la práctica clínica en Oncología.
Un total de 2.000 pacientes con tumores metastásicos tendrán la oportunidad de formar parte de manera gratuita del estudio DIPCAN (Digitalización y Manejo de la Medicina Personalizada en Cáncer), que nace con la intención de cambiar la práctica clínica en el área de la Oncología, apostando por el desarrollo de la medicina personalizada gracias a la integración de datos clínicos, genómicos y de imagen radiológica.
Los participantes tendrán acceso a la visita de un oncólogo especialista en investigación clínica que recogerá los datos clínicos del paciente de una manera sistematizada. Además, se realizará la secuenciación del genoma del tumor tanto en la pieza de la biopsia como en la sangre, se digitalizarán las imágenes de anatomía patológica de cada uno de los tumores y se llevará a cabo una resonancia magnética corporal total que incluirá las imágenes radiológicas desde la cabeza a los pies del paciente. Todos los parámetros se codificarán y serán analizados mediante un algoritmo de inteligencia artificial.
El director científico del proyecto es el Dr. Enrique Grande, jefe del Servicio de Oncología Médica de MD Anderson Cancer Center Madrid y jefe de Investigación Clínica de la Fundación MD Anderson Cancer Center España. “Queremos cambiar la práctica clínica en Oncología centrándonos en la medicina personalizada para poder identificar aquellos pacientes que serán más susceptibles a responder mejor a los tratamientos”.
En este proyecto colabora la Secretaría de Estado de Digitalización e Inteligencia Artificial (SEDIA), órgano superior del Ministerio de Asuntos Económicos y Transformación Digital, y está dotado con financiación de la Unión Europea.
La secuenciación del genoma humano se publicó hace veintiún años en dos versiones: una alcanzada por el consorcio público Proyecto Genoma Humano (PGH) y otra, por la compañía privada Celera Genomics. De cara al público, acababa en empate una carrera por ser el primero en descifrar nuestro manual de instrucciones, cada una de las letras que conforman el ADN de una persona. O eso parecía. Lo cierto es que las secuenciaciones que se presentaron entonces, si bien han supuesto un logro esencial en la investigación biomédica, eran incompletas, pues una parte no desdeñable del ADN se mantenía desconocida.
De ello eran conscientes científicos como Evan Eichler. Este investigador del Instituto Médico Howard Hughes (HHMI) de la Universidad de Washington (Seattle), participó en el Proyecto Genoma Humano. La secuenciación que culminaron a principios del siglo XXI se consideró “completa” a falta de fragmentos que tenían secuencias muy repetidas y que se descartaron como “basura”, por no tener relevancia biológica. Pero precisamente era en esos “vacíos” donde se encontraban las regiones en las que Eichler estaba interesado. Por ello, se comprometió a terminar algún día el trabajo: tenía que leer todo el genoma, sin saltarse ningún párrafo.
La curiosidad de Eicher personaliza la de otros muchos científicos, que se preguntaron por ese ADN desdeñado. Hace unos años, planearon acometer esa brecha en la secuenciación. Tirando de Zoom y teletrabajo durante la pandemia, cerca de cien investigadores, muchos de ellos en el inicio de sus carreras, se sumaron al consorcio Telomere-to-Telomere (T2T), dirigido por Adam Phillippy, del Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano (Nhgri), y Karen Miga, de la Universidad de California en Santa Cruz (UCSC).
Hoy presentan en las páginas de Science “capítulos que nunca antes se habían leído” del libro genético de la vida. De telómero a telómero, o de punta a punta de los cromosomas, han ensamblado esta nueva versión, que presentaron hace unos meses, sin revisión de pares, en bioRxiv.org. Ahora, la revista científica por excelencia publica en el número de esta semana seis estudios con las conclusiones de su investigación.
La versión de referencia del genoma que se utiliza hoy en laboratorios de todo el mundo (GRCh38, que parte de la secuenciación inicial del PGH) tiene millones de bases (nucleótidos, las letras que se suceden en el ADN) representadas por la letra “N”, lo que significa que se desconoce qué base se encuentra en esa posición explica en Science la genetista no implicada en este proyecto Deanna M. Church. También hay regiones de importancia biológica como los centrómeros, la parte central de los cromosomas, con fragmentos secuenciados muy repetidos que no se han terminado de ensamblar correctamente. Todas esas partes aún desconocidas suponen alrededor del 8% del genoma. El consorcio T2T las ha descifrado, añadiendo así 200 millones de nucleótidos (algo similar al tamaño de un cromosoma completo) en su nueva versión, llamada T2T-CHM13.
El hecho de que en estas regiones del ADN no se hubieran encontrado inicialmente muchos genes codificadores de proteínas contribuyó a que cayeran en el ostracismo, una tendencia que desde hace años se está revirtiendo a medida que se demuestra su relevancia, por ejemplo, en la expresión génica y en ciertas enfermedades. Como destaca una de las autoras, Megan Dennis, del Instituto MIND en la Universidad de California, en Davis, “estas son regiones importantes pero difíciles de secuenciar”.
En las regiones de ese 8% se han encontrado genes y también niveles inesperadamente altos de variación genética en los centrómeros. Para el codirector Phillippy estamos ante "un nuevo cofre del tesoro de variantes que podemos estudiar para ver si tienen un significado funcional". El genetista considera que “en el futuro, cuando se secuencie el genoma de alguien, podremos identificar todas las variantes en su ADN y usar esa información para guiar mejor la atención médica". En ello coincide la codirectora Karen Miga, que se muestra expectante ante "la próxima década de descubrimientos sobre estas regiones que se acaban de revelar”.